La chiesa pur avendo subito delle trasformazioni nell’800 si presenta ancora sufficientemente integra rispetto al progetto originale della fine del XV secolo.
Sull’altare si conserva l’ancona attribuibile a Pietro Lombardo o alla sua scuola divisa in tre parti –Madonna con bambino al centro, S. Bartolomeo e S. Francesco ai lati– con il timpano dove è raffigurato il Padre Eterno contornato da cherubini; a fianco dell'altare la porta di accesso alla sagrestia dove, nel frontone ad arco, è scolpito in altorilievo il Redentore morto, sorretto da due angeli.
Nel mezzo, a pavimento e riccamente ornata, giace la lastra in pietra del sepolcro di Francesco, Generale Collaterale della Repubblica di Venezia, posta dal nipote Giovanni, suo collaboratore nelle mansioni militari e suo erede delle proprietà di Thiene nel 1554, che si fece qui seppellire nel 1578, assieme allo zio.
Nel 1887, probabilmente a conclusione della campagna di "restauri" ottocenteschi della chiesa, Guardino Colleoni fece traslare da Cortenuova (Bergamo) il monumento funebre di Teresa Colleoni (1821-1842). Opera di grandissima qualità di Gaetano Matteo Monti eseguita nel 1844 e premiata all'esposizione di Brera.
Sulla parete destra, la lapide posta da Antonio Thiene, cugino ed erede, in memoria di Guardino. Sulla parete sinistra busto in marmo di Carrara, eseguito dal celebre scultore Lorenzo Bartolini (Prato, 1777-Firenze, 1850), di Orazio Colleoni Porto (1796-1848), primo di questo ramo, erede di Giovanni Battista Orazio Porto nel 1816.
All'interno della chiesa è conservato anche il ritratto di San Gaetano Thiene (1480-1547) dipinto di scuola veneta del XVII secolo.
Gaetano è figlio di Gaspare e Maria Porto; gli viene dato il nome Gaetano per ricordare lo zio Canonico (nato a Gaeta e celebre professore di filosofia a Padova, morto nel 1465).
Si laurea a Padova in diritto civile e canonico (1504). Entra nella curia romana (1506) come protonotario apostolico ed è ordinato sacerdote nel 1516. Entra nell'Oratorio del Divino Amore e ne dirige le compagnie di Vicenza (da cui dipendeva l'Ospedale della Misericordia), Verona e Venezia dove fonda (1522) l'Ospedale degli Incurabili (sifilitici).
Rinuncia a cariche e benefici e dà vita (1524) con Gian Pietro Carafa (nel 1555 papa con il nome di Paolo IV), alla prima congregazione di Chierici Regolari (i padri Teatini), con lo scopo –antecedente il Concilio di Trento– di restaurare nella Chiesa la regola primitiva di vita apostolica, espressione della volontà di rinnovamento della vita ecclesiastica. Nel 1527 le truppe di Carlo V saccheggiano Roma; con i suoi confratelli Gaetano raggiunge fortunosamente Venezia dove abiterà a San Nicolò dei Tolentini. Comandato a Napoli (1533) fonda la prima Casa teatina e il Monte di Pietà (1539) da cui trarrà origine il Banco di Napoli. Qui muore il 7 agosto 1547; è sepolto in San Paolo Maggiore dove viene eretta una tomba con l'iscrizione qui giace colui che molto prega per il suo popolo.
È beatificato nel 1629 da Urbano VIII e proclamato santo da Papa Clemente X Altieri (12.4.1671), su istanza anche di Luigi XIV re di Francia.